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Au seminaire de Vitoria

En automne de l'année suivante, il entra au Séminaire de Vitoria, situé près de la Cathédrale Vieille, où il étudia Philosophie et Théologie. Il s'intéressa à toutes les matières et se consacra à chacune d'elles avec application. En même temps et individuellement, il étudia Magistère.

Il s'intéressa particulièrement à la Physique et à la Géologie. Il dédiait les étés, avec un ami étudiant d'Ingénierie des Eaux et Forêts, à faire de nombreuses excursions aux monts d'Ataun, pour observer leur nature géologique.

Tout passa tranquilement jusqu'à la moitié de ses études de théologie. Les études de Sociologie et de Sciences, qu'il apprenait individuellement, le firent douter de sa foi, jusqu'à présent tranquille. Ceci fut la raison fondamentale de son postérieur dévouement à l'étude de l'Histoire des Religions.

Après avoir trouvé une réponse à son probléme personnel, il ne voulut pas se contenter à devenir un érudit de l'Histoire des Religions. Il décida de faire des recherches pour son propre compte, considérant que la forme la plus logique de commencer était étudier son propre Peuple, où il voyait que survivaient des éléments de religions antérieures christianisés, que lui même avait appris pendant son enfance. C'est à ce moment là que commence son futur dévouement à la recherche Archéologique et Ethnographique du Pays Basque.

Non satisfait avec la paix intérieure qu'il avait obtenu à l'aide de ses études, qui provenaient en fait de croyants catholiques, il voulut comparer ses idées avec celles d'autres personnes possédant d'autres croyances religieuses. C'est ainsi que l'on peut le voir pendant ses vacances d'été de 1913, une année avant la fin de ses études universitaires, à l'Université de Leipzig, suivant un cours sur la Psychologie des Peuples, expliqué par le Prof. Wundt.

Au début de la nouvelle année universitaire à Vitoria, la dernière de ses études, il fut chargé d'expliquer l'Histoire des Religions, mais un changement du plan d'études et l'absence de professeur titulaire de Physique, font qu'il soit chargé de cette matière provisoirement, charge provisoire qui dura jusqu'en 1936, date où la guerre civile met définitivement fin à son professorat au Séminaire de Vitoria.

Il est ordonné prêtre à la fin de 1914 et est envoyé à Burgos pour passer sa licence de Théologie.

L'année suivante, meurt son père.

Lorsque la Première Guerre Mondiale se déclenche, Barandiarán, qui avait fabriqué un appareil de radio-galène, écoutait et commentait les nouvelles concernant la guerre avant même de paraître dans la presse locale. Cela lui créa des problèmes et il reçut des inspections des Autorités du département, qui pensaient qu'il faisait de l'espionnage. Après quelques enquêtes, l'autorité compétente fut convaincue qu'il ne s'agissait que d'un récepteur que n'importe qui pouvait fabriquer.