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En el seminario de Vitoria

En otoño del año siguiente pasó al Seminario de Vitoria, sito Junto a la Catedral Vieja, donde fue pasando los cursos de Filosofía y Teología. Le interesaron todas las asignaturas y a todas ellas se dedicó con intensidad. A la vez, y por su cuenta, cursó la carrera de Magisterio.

Le interesaron especialmente los estudios de Física y de Geología. Dedicó los veranos, junto con otro estudiante de Ingeniería de Montes, a hacer numerosas excursiones por los montes de Ataun observando la naturaleza geológica de los mismos.

Todo transcurrió en calma hasta la mitad de sus estudios teológicos. Los estudios de Sociología y Ciencias, que ampliaba por su cuenta, originaron dudas en su fe, hasta entonces tranquila. Este fue el motivo principal de su posterior dedicación al estudio de la Historia de las Religiones.

Resuelto el problema personal no quiso contentarse con ser un erudito de la Historia de las Religiones. Decidió investigar por cuenta propia, considerando que lo más obvio era comenzar por estudiar su propio Pueblo, donde veía que pervivían cristianizados elementos de religiones anteriores, que el había mamado en su niñez. En este momento arranca su doble dedicación posterior a la investigación de la Arqueología y Etnografía del Pueblo Vasco.

No contento con la tranquilidad interna obtenida a partir de sus estudios, que en definitiva procedían de creyentes católicos, quiso contrastar sus ideas con las de otros, que poseyeran otro tipo de creencias. Y así le vemos durante las vacaciones veraniegas de 1913, un año antes de terminar su carrera, en la Universidad de Leipzig, siguiendo un curso sobre Psicología de los Pueblos, explicado por el Prof. Wundt.

Al comienzo del nuevo curso en Vitoria, último de su carrera, se le encargó explicar Historia de las Religiones, pero un cambio en el plan de estudios y la ausencia del titular de la asignatura de Física hace que le encarguen provisionalmente esta asignatura, provisionalmente que duró hasta 1936, fecha en que la guerra civil corta definitivamente su profesorado en el Seminario de Vitoria.

Es ordenado sacerdote a finales de 1914 enviado a Burgos a licenciarse en Teología.

Al año siguiente muere su padre.

Al desencadenarse la Primera Guerra Europea. Barandiaran, que había construido una aparato de radio-galena escuchaba y comentaba noticias referentes a la guerra, antes de que aparecieran en la prensa local. Esto le trajo problemas, así como inspecciones por parte de las Autoridades provinciales, que pensaban en un caso de espionaje. Tras varias inspecciones la autoridad competente quedo convencida de que simplemente poseía un simple receptor casero, que cualquiera podía construir.